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Des soumissions conformes à la revue
avec des figures vivantes

Deux choses se produisent généralement la dernière semaine avant la soumission : le manuscrit est forcé dans le modèle de la revue, et les figures sont figées dans l’état où elles se trouvaient ce jour-là. Ce guide combine deux méthodes de travail de Folio Writer pour qu’aucune des deux n’arrive — la mise en page exacte de la revue grâce à une extension Quarto, avec des figures qui se régénèrent à partir de vos données à chaque compilation, jusqu’au moment même de l’envoi.

Étape 1 · Ajouter l’extension de la revue

Les extensions de revues de Quarto sont des modèles maintenus par les éditeurs — AGU, Elsevier, Copernicus, et une liste qui s’allonge. Installez-en une dans le projet, depuis le Terminal :

cd /path/to/YourProject      # the folder with folio.json
quarto add quarto-journals/agu

Cela crée un dossier _extensions/ dans le projet — autrement dit, le modèle voyage et se synchronise avec le manuscrit. Un coauteur qui ouvre le projet dispose lui aussi du format de la revue, sans rien configurer.

Étape 2 · Une ligne pour choisir la revue

Dans le document Metadata (ou Compiler ▸ Métadonnées de format), ajoutez :

quarto-to: agu-pdf

Compilez avec Moteur de rendu = Quarto, Format = PDF. Folio Writer effectue le rendu avec --to agu-pdf, transmet tels quels vos auteurs, affiliations et ORCID structurés au modèle de la revue — et retire les clés de mise en page génériques (geometry, fontsize, documentclass…) qui entreraient en conflit avec la classe de la revue. Vos réglages de compilation habituels ne contaminent pas la soumission.

Étape 3 · Les métadonnées propres à la revue

Chaque extension ajoute quelques clés qui lui sont propres — consultez son template.qmd sur GitHub. Pour l’AGU :

citation:
  container-title: "JGR: Solid Earth"
plain-language-summary: |
  One paragraph for non-specialists.
key-points:
  - Up to three statements, ≤140 characters each.

Elles vivent dans le document Metadata comme tout le reste — du YAML brut, dans le projet, sous contrôle de version.

Étape 4 · Des figures qui restent vivantes dans le modèle

Comme le rendu de la revue est un rendu Quarto, vos cellules exécutables s’y exécutent : chaque compilation relit les données, réajuste le modèle, redessine la figure — dans la mise en page des flottants, le style de légende et la numérotation propres à la revue. Deux options assurent l’intégration :

```{python}
#| label: fig-eos
#| fig-cap: "Compression curve with third-order Birch–Murnaghan fit."
#| fig-width: 5.6        # match the journal's text width
#| echo: false           # journals want figures, not code
...
```

Citez-la comme @fig:eos dans votre texte, comme n’importe quelle figure — Folio Writer traduit vers la syntaxe native de Quarto à la compilation, si bien que le même manuscrit se rend toujours via pandoc/LaTeX quand vous avez besoin d’une compilation simple.

Étape 5 · Livrer les deux fichiers

1. Format = PDF — le PDF conforme à la revue, pour la relecture et pour vos coauteurs.
2. Format = LaTeX — le .tex que la plupart des systèmes de soumission réclament réellement, produit par la même extension à partir de la même source. Les figures sont incluses telles que générées.

Pourquoi cette combinaison compte

Séparément, chaque moitié fait gagner un après-midi. Ensemble, elles changent ce qu’est une soumission : un dossier de fichiers bruts — texte, données, code d’analyse et modèle de la revue — qui produit de façon déterministe le fichier exact que vous avez envoyé. Reproductible par un coauteur aujourd’hui, par un étudiant dans cinq ans, par vous pendant la révision. Ce n’est pas une commodité ; c’est la reproductibilité comme effet secondaire de votre façon d’écrire.

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