Folio Writer

Envíos con el formato exacto de la revista
y figuras vivas

En la última semana antes del envío suelen pasar dos cosas: el manuscrito se mete a la fuerza en la plantilla de la revista y las figuras se congelan en el estado en que estuvieran ese día. Esta guía combina dos flujos de trabajo de Folio Writer para que no ocurra ninguna de las dos: la maquetación exacta de la revista a partir de una extensión de Quarto, con figuras que se regeneran a partir de tus datos en cada compilación, hasta el mismo momento en que las subes.

Paso 1 · Añade la extensión de la revista

Las extensiones de revista de Quarto son plantillas mantenidas por las editoriales: AGU, Elsevier, Copernicus y una lista creciente. Instala una dentro del proyecto, en el Terminal:

cd /path/to/YourProject      # the folder with folio.json
quarto add quarto-journals/agu

Esto crea una carpeta _extensions/ dentro del proyecto, lo que significa que la plantilla viaja y se sincroniza con el manuscrito. Un coautor que abra el proyecto también tendrá el formato de la revista, sin configurar nada.

Paso 2 · Una línea selecciona la revista

En el documento de metadatos (o en Compilar ▸ Metadatos del formato), añade:

quarto-to: agu-pdf

Compila con Motor de renderizado = Quarto, Formato = PDF. Folio Writer renderiza --to agu-pdf, pasa intactos tus autores, afiliaciones y ORCID estructurados para que los use la plantilla de la revista, y elimina las claves de maquetación genéricas (geometry, fontsize, documentclass…) que chocarían con la clase de la revista. Tus ajustes de compilación habituales no contaminan el envío.

Paso 3 · Los metadatos propios de la revista

Cada extensión añade algunas claves propias: consulta su template.qmd en GitHub. Para AGU:

citation:
  container-title: "JGR: Solid Earth"
plain-language-summary: |
  One paragraph for non-specialists.
key-points:
  - Up to three statements, ≤140 characters each.

Viven en el documento de metadatos como todo lo demás: YAML plano, dentro del proyecto, bajo control de versiones.

Paso 4 · Figuras que siguen vivas dentro de la plantilla

Como el renderizado de la revista es un renderizado de Quarto, tus celdas ejecutables se ejecutan en él: cada compilación vuelve a leer los datos, vuelve a ajustar el modelo y vuelve a dibujar la figura, dentro de la propia disposición de elementos flotantes, el estilo de leyendas y la numeración de la revista. Dos opciones se encargan del encaje:

```{python}
#| label: fig-eos
#| fig-cap: "Compression curve with third-order Birch–Murnaghan fit."
#| fig-width: 5.6        # match the journal's text width
#| echo: false           # journals want figures, not code
...
```

Haz referencia a ella como @fig:eos en tu texto, como a cualquier figura: Folio Writer la traduce a la sintaxis nativa de Quarto al compilar, así que el mismo manuscrito se sigue renderizando con pandoc/LaTeX cuando necesitas una compilación sencilla.

Una celda ejecutable que lee datos de Research, con la figura ajustada en la vista previa
La mitad viva de la combinación: datos leídos de Research, ajustados y dibujados al compilar; la extensión de la revista aporta la maquetación que los rodea.
El dividendo en la revisión: cuando el Revisor 2 te pide repetir el análisis con otros supuestos, cambias el código o los datos, y todas las figuras, con la maquetación exacta de la revista, están al día en la siguiente compilación. Sin volver a exportar, sin preguntarse «¿la Fig. 3 es la versión nueva?». (Combina bien con el viaje de ida y vuelta con los revisores.)

Paso 5 · Entrega ambos archivos

  1. Formato = PDF: el PDF con el formato exacto de la revista, para la revisión y para tus coautores.
  2. Formato = LaTeX: el .tex que la mayoría de los sistemas de envío quieren de verdad, producido por la misma extensión a partir de la misma fuente. Las figuras se incluyen tal como se generaron.

Por qué importa esta combinación

Por separado, cada mitad te ahorra una tarde. Juntas cambian lo que es un envío: una carpeta de archivos planos (texto, datos, código de análisis y la plantilla de la revista) que produce de forma determinista exactamente el archivo que subiste. Un coautor puede volver a ejecutarlo hoy, un estudiante dentro de cinco años, tú durante la revisión. No es una comodidad: es reproducibilidad como efecto secundario de tu forma de escribir.

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